В палеозойском разрезе выделены пять крупных циклов рифообразования — раннекембрийский, средне—позднеордовикский, силурийско-девонский, поздневизейско-серпуховский и пермский, верхние границы которых определяются соответствующими периодами с биотическими кризисами и массовыми вымираниями на границах ранний—средний кембрий, ордовик—силур (или хирнант—рудданиан), фран—фамен, серпухов—башкир, и пермь—триас. Циклы различаются по распространенности рифов в пределах планеты, составу и групповому разнообразию рифостроящей биоты и длительности рифообразования. В наиболее длительных — силурийско—девонском и пермском циклах отчётливо наблюдаются периоды относительного снижения интенсивности рифостроения, подразделяющие первые на две части — циклы второго порядка. Их появление обусловлено глобальными палеогеографическими и палеоклиматическими причинами, а в начале девона, возможно, помимо названных причин важную роль сыграло и глобальное биотическое событие — появление наземной биоты и соответственно определённое перераспределение потока питательных компонентов — нутриентов — с водной оболочки на сушу. Во всех случаях установлены циклы третьего порядка, образование которых определяется сугубо регионально-геологические причинами, такими как колебания уровня моря, осолонение водоёмов, что фиксируется перекрытием рифов терригенными, глинистыми или соленосными породами. Аналогично воздействие вулканизма, когда эксплозивная деятельность прекращает рост рифов.